剑悟变成特利迦奥特曼，为了守护大家的笑容，在永恒核心里消失了。时间推进到特利迦消失的两年后，时冈代理队长率领精英胜利队想方设法复活在永恒核心中消失的真中剑悟。在众人的不懈努力下，终于复活了剑悟。剑悟复活后取回了特利迦的力量，结果在面对新的怪兽时，陷入了苦战。就在特利迦难以招架的时候，泽塔奥特曼跨越宇宙次元，再次来到地球前来帮助特利迦。没想到随着事情的发展，遥辉发现了事情的背后居然浮现出了宿敌赛雷布洛的影子。于是，遥辉开始追查赛雷布洛的踪迹。三千万年前超古代人的残党，他与赛雷布洛联手，试图获取剑悟的光之力量。他可以变身成邪恶特利迦，实力非常强大。特利迦根本招架不住邪恶特利迦，不光泽塔前来帮助特利迦，就连伊格尼斯也变成黑暗特利迦前来协助特利迦。三位战士将联手粉碎超古代人残党与赛雷布洛的阴谋。

最后一场战斗已经过去两年了，世界各地已经恢复了和平。然而，当怪物再次开始出现在地球上时，事情并没有平静多久。与此同时，一系列神秘的闯入事件发生在世界各地的超级古代遗迹中。GUTSSELECT团队由新队长带领，准备展开调查。殊不知，这是一场生死未卜的激战之始。GUTSSELECT和泽塔奥特曼在真中剑悟的带领下加入战斗。一个邪恶的身影从阴影中出现：邪恶特利迦，一个继承暗影的邪恶巨人。为了让大家再次展露微笑，特利迦奥特曼和泽塔奥特曼的人间体夏川遥辉与GUTSSELECT的新成员以及黑暗特利迦的人间体伊格尼斯将展开一场光与影的终极之战。

跨越时空苏醒的光之巨人特利迦奥特曼，苏醒了！3000万年前，一股黑暗力量使世界陷入恐惧。最后是光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。不过，光之巨人也用尽了自己的力量，在红色星球上陷入了长眠。时光流转，地球和平同盟“TPU”在地球组建了精英小组“精英胜利队”。主人公真中剑悟生活在新开拓的火星上，他有一个梦想，就是守护大家的笑容。剑悟平日里在植物研究中心工作，他是名植物学家。最近他总是重复做一个恶梦，梦里总出现一名神秘的巨人，这让他十分苦恼。有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了火星安稳宁静的生活。当火星的街道被怪物破坏时，剑悟在命运的引导下，和沉睡的光之巨人相遇了。这次相遇会给他和地球带来怎样的影响呢？

跨越时空苏醒的光之巨人特利迦奥特曼，苏醒了！3000万年前，一股黑暗力量使世界陷入恐惧。最后是光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。不过，光之巨人也用尽了自己的力量，在红色星球上陷入了长眠。时光流转，地球和平同盟“TPU”在地球组建了精英小组“精英胜利队”。主人公真中剑悟生活在新开拓的火星上，他有一个梦想，就是守护大家的笑容。剑悟平日里在植物研究中心工作，他是名植物学家。最近他总是重复做一个恶梦，梦里总出现一名神秘的巨人，这让他十分苦恼。有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了火星安稳宁静的生活。当火星的街道被怪物破坏时，剑悟在命运的引导下，和沉睡的光之巨人相遇了。这次相遇会给他和地球带来怎样的影响呢？

地球上住着很多偷偷隐居的外星人，只有少数人才知道这个真相。主人公 “工藤优幸”就职于一个名叫 “伊吉斯”的民间警备组织，该组织主要是解决外星人引起的纠纷。在优幸的身上隐藏着一个连他自己都不知道的秘密，泰迦奥特曼的光之粒子寄宿在了他的身上，当泰迦奥特曼在优幸体内苏醒的那一刻起，新的故事开始了。

故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。

曾经，一位名叫奥特曼的光之战士守护了被怪兽和外星人所侵略的地球。在危机解除后，奥特曼就离开了地球，地球从此恢复了往日的平静。人类迎来了欣欣向荣的时代。多年过去，人类看似过着和平的生活，但其实危机已经悄然接近。人类需要光之巨人帮助的时刻再次来临，所以，继承了光之遗传基因的新英雄诞生了。只不过，这位英雄不是当年的那位巨人了，他身穿装甲，体型和人类一样。而且，他还是一位高中生。他的名字叫早田进次郎。奥特曼的人间体早田进就是进次郎的爸爸。新一代奥特曼的战斗就此拉开了序幕。